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Descrio
Calcula matrizes de transio, frequncias e duraes mdias de comportamentos em uma srie temporal.

Uso
sequence=function(seq, plot=0)

Argumentos
seq	Sequncia comportamental a ser analisada. Um data.frame com duas coluna, uma contendo a  srie de comportamentos e a outra contendo os tempos. Formatos aceitos so "Comportamento" "HH:MM:SS" ou "Comportamento" "segundos".
plot 	Requer o pacote "diagram. Define o tipo de grfico a ser plotado. Se =1, chama a funo "plotweb", se =2, chama a funo "plotmat. Qualquer outro valor resulta em nenhum plot.

Detalhes
A funo calcula a matriz de transio entre os comportamentos e  frequncia e durao mdia destes. A coluna com os comportamentos pode estar em qualquer formato aceito pelo R.  assumido que os comportamentos so estados, e o tempo  o momento de incio do comportamento, que deve estar em segundos ou no formato "HH:MM:SS". No ltimo caso, a string de caracteres  convertida um objeto do formato POSIXct para calculo dos tempos. A matriz de transio calcula a probabilidade de um comportamento ser seguido por outro dentro da sequencia fornecida.

A plotagem da matriz de transio utiliza as funes plotweb e plotmat do pacote diagram, especficas para plotar fluxogramas. plotweb plota uma rede com a espessura das arestas proporcional ao valor da probabilidade de transio entre os comportamentos, enquanto plotmat plota uma rede com os valores de transio ao lado de cada aresta.

Valor
A funo retorna uma lista com dois itens, a matriz de transio e um data.frame com as frequncias e duraes mdias de cada comportamento.  A durao dos comportamentos  mostrada em segundos, independente do tipo de entrada. No caso de inputs incorretos, retorna uma mensagem de aviso.

Autor
Vitor Passos Rios

Package Diagram by Karline Soetaert, Netherlands Institute of Sea Research (NIOZ) (http://cran.r-project.org/web/packages/diagram/vignettes/diagram.pdf)

Exemplos
library("sampling")
l=srswor(100,1000)
times=(1:1000)[l==1]
behav=sample(x=paste(letters,letters),size=length(times),replace=T)
seq=data.frame(behaviour=as.factor(behav),time=times)
a=sequence(seq, plot=1)
a
